一九九九年下半年，海淀区政府为加快落实国务院、北京市政府建设中关村科技园区的指示精神，扶植科技企业，特别是非公有制的中小型科技企业的发展，加大融资支持力度，海淀区财政专门拨款建立了"中小型科技企业贷款担保基金"，并责成北京市海淀区国有资产投资经营公司成立担保中心。
    经海淀区政府（99）105#文请示市政府、市工商局同意，担保中心于一九九九年十一月九日正式成立，全称为"北京海淀科技企业风险担保中心"，注册资本金3000万元，经营范围为：为科技型企业提供资金担保服务。
    北京海淀科技企业风险担保中心以"有序、灵活、有效"为工作宗旨，本着服务、支持海淀区民营中小高科技企业的精神，在把握风险的基础上，选择信誉良好、产品有市场、有发展前景的企业大力支持，提供贷款担保。
    担保中心在海淀区财政局、经委的指导下以政策性资金、市场化运作、企业化经营相结合的方式进行运作。为确保担保业务正常运作，并与有力支持海淀区经济发展相结合，担保中心与银行、区内主管部门经过友好协商，形成了由海淀区经委推荐、担保中心评审出具担保意向书、银行审查放款的工作模式。
    担保中心在借鉴国内外担保业管理经验的基础上，结合自身的优势建立了一套严格的业务流程，进行规范化管理。担保中心对受理项目进行初评、详评、评审委员会审议及复审四个环节的严格把关，坚持保审分离的制约原则，灵活设计反担保措施，在把握风险的前提下，尽最大努力支持区内中小企业的发展。成立几年来，取得了较好的业绩，收到了良好的社会效果，得到了社会各界的一致认可。
    担保中心的工作也得到了各有关主管部门的高度评价，国家经贸委和市经委多次到担保中心来了解情况。担保中心成为北京市担保业行业自律机构--北京信用担保业协会的第一届会员，并出任常务理事会理事以及监事会监事。而且，担保中心被列入全国中小企业信用担保体系试点担保机构（第三批），为担保中心提供更优惠的政策支持，以便更好地为中小企业服务，创造更大的社会效益。